网易企业邮箱在使用Pop协议的情况下，客户端只能将”收件箱”里的邮件收取到本地，pop协议下，用户在客户端上对本地邮件的操作（如，删除、转移至其它文件夹等）不会影响服务器上的邮件，但如果用户在pop协议客户端设置中未勾选在服务器上保留副本，或勾选多少天后删除，则可能会导致网页中邮件被删除，请谨慎设置。
使用Imap协议，客户端可以同步多个文件夹的邮件，并且客户端上的操作将会同步到服务器。如在客户端里删除某封邮件，服务器上也会同步删除这封邮件。
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