1、过滤效果和防护效果不同。
（1）医用口罩一般就是指一次性使用医用口罩，防护能力不如医用外科口罩，仅用于普通医疗环境佩戴使用。比如像门诊，医生平时的时候如果没有遇到特殊的病人或者是在特殊的场所，不属于特殊的科室，给病人看病的时候所带的都是这种一次性的普通医用口罩。
医用口罩有95%以上细菌过滤的作用，但是它不防渗透，因此医生或者是护士在进行常规注射、穿刺或者是换液体的时候，这种操作一般是不会发生血液、体液等喷溅的，那就会用这种比较普通的医用口罩。
在没有医用防护口罩或医用外科口罩的情况下，佩戴医用口罩对预防新型肺炎也是有一定作用的。
（2）医用外科口罩密封性比医用口罩好，对于防止气溶胶细菌作用更好，而且还防渗透，有比较严格的颗粒过滤规定，必须是≥30%。
医生在进入手术室之后、有呼吸道传染的风险时，进行手术时、换药的时候，很有可能会碰上患者的血液、体液等喷溅的情况，这个时候就需要佩戴医用外科口罩。
针对预防新型肺炎的情况，使用一次性医用外科口罩是最经济实惠的。除非是出入高危地区，例如疫区、医院、有感染者的场所等地方，需要使用医用防护口罩，普通健康人群，在安全地区，一般情况下使用一次性外科口罩也足够。
2、生产技术标准不同。口罩有不同的技术标准，《一次性使用医用口罩》为（YY/T0969-2013），《医用外科口罩》为（YY0469-2011）。可以通过查看产品外包装上标注的执行标准来判断产品属于哪类口罩，另外包装上也会写清各自的名称。
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