嵌入式系统具有硬件资源有限的特点，因此硬件设计固有缺点。相较于在传统的计算机中运行的软件，只需要尽可能利用更多的RAM和CPU处理能力即可，嵌入式系统的硬件设计对系统的性能产生了直接的影响。在制造嵌入式系统时，需要考虑多个因素，如功耗、寄存器、外围接口等。由于系统资源限制的存在，开发过程中的复杂度较大，这也为嵌入式设备的日常维护带来了不小挑战。
加之，嵌入式系统在设计时必须考虑稳定性和可靠性，这意味着系统开发人员必须避免使用过于复杂的设计，尤其是那些处理器处理能力不足的设备，这会在实现方面产生一定的挑战。对此，系统开发人员必须努力探索新的GoBo设计方式，以实现更好的性能和更高的稳定性。
在嵌入式系统设计过程中，合理的硬件和软件集成至关重要，但由于硬件设计和软件编程之间的独立性和相关性问题，很难进行完美的集成。一方面，硬件设计必须考虑到软件编程环节中可能出现的各种问题；另一方面，软件开发人员必须了解硬件设计的限制，并基于此规划和考虑系统的软件架构。这种协作会给开发过程带来不小的风险，因为硬件或软件的缺陷可能会在整个系统中产生问题。
在此情况下，一个较为有效的解决方案是，系统开发人员必须从设备的整体性能和可靠性入手，并且不断加强硬件和软件合作的实践经验，以保证硬件和软件之间的集成能够更好地实现。
安全问题一直是嵌入式系统设计面临的一大挑战。由于通信网络的广泛存在和更加普遍的物联网应用，嵌入式系统设备已成为网络安全的重要攻击目标之一，这种威胁甚至可以威胁到个人隐私。例如，在智能家居系统中，攻击者可以利用身份验证不当、安全漏洞和攻击代码等方式侵犯个人隐私并引发对个人隐私泄露的担忧。为了解决这些安全问题，必须考虑更加完整和高效的系统安全和保密性问题。
一方面，系统开发人员必须积极采用更为先进的技术来保护嵌入式系统的安全性。例如，他们可以采用静态或动态代码分析的安全技术来检测和消除安全漏洞，并开发综合性嵌入式安全架构和相关安全保障措施，以保护整个系统和其中必要的个人隐私；另一方面，必须教育用户了解安全问题，切实加强系统管理和用户自身的安全意识。只有这样，用户才能更有效地保护自己的隐私。
由于嵌入式系统在开发过程中硬件固有的限制和软件编程的复杂性以及更多的特性原因，故障排除有时是一项艰难的任务。例如，嵌入式系统的故障找错难度要相对高一些，因为普通的故障诊断工具如调试器、查看器和跟踪器无法完全满足嵌入式设备的需要。此类问题的解决通常需要软件和硬件的综合知识，并对更高级别的系统架构有更全面的了解。
尽管如此，还有很多开源软件和硬件工具可以协助开发人员进行故障排除，系统设计人员可以预装这些工具来帮助实现更便捷的故障排除。这可以在设计和开发过程中有助于发现特定问题，并针对特定问题执行必要的操作。
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