为什么sdf文件要反标 sdf文件为何需要反向标记

为什么sdf文件要反标

sdf文件作为化学信息学领域中最为常用的一种文件格式之一，经常被用来存储化学信息、分子结构和反应等数据。sdf文件的特点是可以同时存储分子结构和分子属性信息，这也为其广泛应用提供了可能。但是，在实际应用中，我们发现sdf文件中的分子结构和分子属性信息存在一个问题，就是分子结构信息是从左到右排列，而分子属性信息是从右到左排列，这就需要将其按照一定规则反标才能正确使用。

1、多个分子信息的存储方式

sdf文件中，每个分子的信息都是用一个“分子块”来表示的。每个“分子块”都由多行组成，其中第一行用于表示该分子结构有多少个原子和多少个化学键。而后面的行用于记录各个原子的坐标、元素符号等各种属性信息。
由于sdf文件可以同时存储多个分子的信息，那么在多个分子之间需要进行分隔。反标的原因就在于：sdf文件在存储多个分子信息时，需要将每个分子块放到一起，而各个块之间又需要用一个空行进行分隔。但是在原始格式中，分子属性信息总是写在最后，而最后一个分子块的末尾是不会有空行的。因此，如果不反标，读入sdf文件时就无法准确识别各个分子之间的界限。

2、方便分子属性信息的读取

在sdf文件的分子块中，如果反标后，每个分子的属性信息总是在该分子结构信息的上方，方便我们读取信息。这里有一个简单的例子来说明反标带来的方便之处：我们需要从一个sdf文件中提取若干分子的分子量，如果不进行反标，要么需要手动找到每个分子信息的起始和结束位置，要么需要使用一些较为复杂的正则表达式来提取。而如果进行了反标，就可以使用一个简单的循环，依次读取每个分子块的第三行的信息，即可读取每个分子的分子量。

3、方便多种软件之间的交换

现在有很多化学信息学专业的软件，比如ChemDraw、Gaussian等等，这些软件都可以生成sdf文件。但由于每个软件的生成规则不同，生成的sdf文件也有所差异，这就导致不同软件之间在读取sdf文件时可能会出现问题。因此，为了方便各种软件之间的交换，一般都会在生成sdf文件时进行反标处理。

4、方便分子信息的搜索和比较

在化学信息学领域中，我们经常需要使用“相似性搜索”等技术，来在数据库中查找与输入分子结构相似的化合物。为了方便地实现这种操作，sdf文件中一般都会将分子结构和属性信息集中在一个地方，并将分子结构信息从左往右依次排列，而将分子属性信息从右往左依次排列，这样就方便对分子信息进行搜索和比较，提高了工作效率。