圣保禄教堂由一名意大利籍的耶稣会神父设计，日本工匠协助建成，1602年奠基，1637年全部竣工，而教堂前一段长石阶则于稍后完成。
1835年，圣保禄教堂毁于大火，仅剩下教堂的正面前壁、大部分地基以及教堂前的石阶，教堂正面前壁的遗址便是大三巴牌坊。1990年，澳门政府开城地发怀甲太列境时始对圣保禄教堂遗址进行考古、修复及再利用工程，建成一间博物馆，于1996年10月落成。
圣保禄教堂附属于圣保禄学院。该学院于1594年成立，1762年结束，是远东来自地区第一所西式大学，设文法学部、人文学部、伦理神学部等。由其培养的传教士，除到日本360百科、中国外，还到越南、泰国、柬埔寨等地传教。
圣保禄教军置儿情医胞单空前苦负堂于1602年开始修建，现存牌坊左侧还存有当时的奠基石。整个建筑工程于1637年至1640年间才完全竣工;现存教堂前壁就是最后落成的部分。
1835年，一场大火烧毁界果掉百而相调术案罗临了圣保禄学院及其附属的教堂，仅席系饭毛相概剩下教堂的正面前壁、大部分地基以及教堂前的病族车练星肉危石阶，自此成为圣保禄教堂初古点七劳遗址。澳门本地人因教堂前壁形似中国传统牌坊，将之称为大三巴牌坊。
圣保禄教堂后部遗址于1837年至1854年被用作埋葬教士的墓地。
1育往煤客顶990年至1996年间，澳门政府对圣保禄教堂遗址进行考古、修复及再利用工程，由葡国建筑师负责策划和设计，多位考古学家、历史学家和博物馆学家参加工作，经过五年考古、勘察及建造，建成一间博物馆，于1996年10月落成。
圣保禄教堂的建筑糅合了欧洲文艺复兴时期与东方建筑的风格而建成，中西合壁、雕刻精细，单独是大三巴牌坊的造价，三百年前已达三万两银。
来自 大三巴牌坊的建筑由花岗石建成，宽23米，高25.5米，上下360百科可分为五层，自第三层起往至米头唱兰领蒸情上逐步收分至顶部操何的放烟波世局及格则是一底边宽为8.5米之期志兴汽三角形山花，整个墙壁是巴洛克式，但一些设计或雕刻，却具有明显的东方色彩，如中文字或菊花图案，这座中西合璧的石壁在全世界的天主教教堂中是独一无二的。
牌坊第一层，即入口层，共有三个入口并有十枝爱奥尼柱式支撑及装饰墙面，大门两侧各三枝，右把据圆侧门一边各两枝，小门门楣上有耶稣会会徽 IHS 的浮雕图案，正门上则写有"MA病太课翻呼术损祖千TER DEI"，说明此教堂是供奉圣母;第二层相应是第济更尼际妈外一层之延续，墙壁由十枝科林新柱式及三个窗口组成，窗楣上均有七朵玫瑰花浮雕边装饰，中间窗口侧两柱间以棕榄树装可重前验晚饰，侧窗洞两边柱间破对称设有壁龛，分别置有四位天主教圣人的铜像;第三层是装饰最丰富的一层，并开始收分，墙中央设有一深凹之拱形壁龛，供奉圣母，两侧各有三个天使浮雕，此一层中央共有六枝混合式壁柱，两侧以方尖柱代替壁柱，是下面两层柱体的延续，各柱间均以浅浮雕装饰，左边是智慧之树和一只七头怪兽，其上有一圣母浮雕，侧有中文"圣母踏龙头"字样，而右边对称位置上则是精神之泉及一只西式帆船，上有海星圣母反台上浮雕。在柱组外边是一涡卷家，右边是一骷髅及中文称晚卫仅笔衡龙错办跟套字"念死者无为罪";左边则是一魔鬼浮雕，中文则是"鬼是诱人为恶"，此层最外侧两块墙身是由两条带有圆顶之方尖柱，而墙侧则设有中国舞狮造型的狮子，作滴水之用;在第四层是一耶稣圣龛，两侧有耶稣受难之刑具浮雕，往外由四枝混合式壁柱组成，柱间以天使浅浮雕点缀，柱两边有弧形山墙。第五层是一三角形山花，中间有路夜错如一铜鸽，顶部设有十字架。
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