1867年日本孝明天皇死，明治天斯皇即位。186皇茶8年(戊辰年)来自1月3日，日本天皇发布《王政复古大号令》，废除幕府，令幕府将军德川庆喜"辞官纳地"。1月8日及10日，德川庆喜在大阪宣布"王政复古大号令"为非法。
1月27日，以萨、长两藩为主力的天皇军5000人，在京都附近与幕府军1.5万人激战(鸟羽、伏见之战)，德川庆喜败走江户，戊辰战争由此官四低洋至异蛋货开始。天皇军大举东征，迫使德川庆喜于1868 年5月3日交360百科出江户城，至1销点革1月初平定东北地区课伟纪目吧国为式叛乱诸藩。1869年春，包块天皇军出征北海道，于6月27日攻下既啊幕府残余势力盘踞的科最后据点五棱郭(在函馆市)，戊辰战争结束。
185社还质操继端游3年和1854年美国东印度舰队360百科司令马修·佩里(Mathew Perry)准将率领舰队两度叩关日本("黑船事件")，迫使幕府与美国签署了不平等的《日美亲善条约》(又称《神奈川条约》)，德川九粒苏婷天春望幕府两百余年的"锁国"政策宣告破产，欧美列强以炮舰为后盾打开了日本的国门，又凭借不平等条约规定的殖民权益，把日本变成了欧美近代双测针固罪旧培蛋约大工业的原料供应地和销售市场除厂陈，日本面临着和同时期其他亚洲国家一样沦为西方列强殖民地、半殖民地的厄运。接下来的十余年间，日本国内"佐幕"和"倒幕"势力进行了激烈的斗争，而德川幕府已经无力挽救民族危机，日渐成为日本近代化的障碍。
即将爆发冲突之时，十五岁的明治天皇虽然冲龄，但已经表现出过人的智慧，受宫中人一致地信服。当时各方对形势的看法也各不一样:法国是明确拥护幕府。而英国支持萨、长两藩，如果幕府能与之合作更好，对大政奉还也赞成。美国荷兰无意见。宫廷内的讨幕派以岩仓具视为中心，与王政复古派联合。王政复古派只要幕府肯在形式上奉还政权就已满足。佐幕派主张公武合体。亲幕派是则是德川庆喜的死党。亲法派主张强化幕府。长州藩力主反幕。萨摩藩反幕，但也赞成大政奉还。土佐藩、芸州藩、宇和岛藩及越前藩主张大政奉还，但也不反对反幕。会津藩拥护幕府。其中土佐藩主月张大政奉还最坚决，是土佐藩代表山内丰信的心腹后藤象此买既派源衡北还二郎和坂本龙马共同提出了著名的《船中八策》(大政奉还案的原稿)。
大政奉还的呼声刚开始的时候，庆喜根据目前形歌少书施吗势，知道各强藩正虎视眈眈，伺机而动。对付长州藩已经很吃力，所以虚与委蛇，假意同意大政奉还，徐图再起，或者取实弃名，暂时期士不们香权居放弃将军之名，以观后变。
山内提出的方案，远比庆喜想象的要缓和得多。这方案似乎只要庆喜做列藩会议的议长，其他对幕府的态度和要求似乎没有多大的改变。
英国大使听到这消息以为从此幕府一切权限都转移到天皇，日本将真正成为以朝廷为中心盾轻的国家。法国大使非常惊讶，立刻召集会议，研判的结果认为日本如果想要近代化，非将军莫属。
大政奉还案相当缓和，与讨幕派有很大的距离。坚持讨幕的只有长州藩，其余的强藩都是两面赞成，但这时忽然出现了密敕--即天皇的诏书，文曰:
源庆喜，借累世之威，恃阖族之强，妄贼害之忠良，数弃绝王命，遂矫先帝之诏而不惧，跻万民于沟壑而不顾，罪恶所至，神州将倾覆焉。朕今为民父母，是贼而不讨，何以上对先帝之灵，下报万民之深雠哉。此朕之忧愤之所在，谅阖而不顾者，万不可以也。汝宜体朕之意，殄戮贼臣庆喜，以速奏回天之伟勋，而措生灵于山岳之安。此朕之愿，无敢或懈。
密敕庆喜的大政奉还的奏章同时到达，萨、长乐才杨两藩暂时吧密敕收起，静观庆喜以后的动向。庆喜接到大政奉还案之后，本想以退为进，索性把将军的职位也辞掉。朝廷因此又将讨幕行动延期，各公卿很怕会打起仗来，决定召集十万轻修石以上的诸藩主来京都开会。院向资诗余误反门培于是诸藩主中反幕派和拥幕派两方都调集大军强底讲建，形成对峙局面。
1867年12月19日(阴历，下同)，占据京都的倒幕派在15岁的明治天皇的支持下发动宫廷政变，实行"王政复古"，也就是天皇从幕府收回统治权，下令剥夺德川家的将军之职，废除幕府制度，紧接着要求德川将军"辞官纳地"即交出统治地区。
战争本来就是倒幕派所希望的夺权手段。西乡隆盛和大久保利通曾表示:"二百余年太平旧习污染了人心，一旦动起干戈，反使天下耳目一新，中原弥定，构成盛举。决然一战，乃是死中求活的着眼点，最为紧要之务。"
但幕府不甘灭亡，1868年(农历戊辰年)1月1日，德川幕个般府发出《讨萨表》，以清君侧为名向倒幕派宣战，次日幕府军随府的注屋和佐幕各藩的军队便开始由大阪出发进军京都。鉴于兵力上的劣势，倒幕派依托京都采用战略防御态势。戊辰战争爆发了!
倒幕派军队的主力是日本西南部的萨摩藩和长州藩的部队。长州藩早就进行了调待调粉军事改革，废除了以往敌措评唱括油异速六卷作为藩兵基本编制的八组，建立了一支以奇兵队、集义队、游击队、膺惩队等诸队为主力的新军。奇兵队是高杉晋作以"聚集有志者，不论藩士、陪臣和轻卒，都同等对待"为口号建立的"平民军队"。市医出生熟谙西方近代军事知识的大村益次郎为了加强部队的战斗力，还积极进行了军事武器装备方面的改革，把落后的火绳枪等旧式武器卖掉，从长崎的英商那里买到法国造米涅步枪四千三百支，荷兰造盖贝尔步枪三千支。1866年，萨摩藩模仿英国编制，组建了以小铳队、城下队和外城队为主力的新军。和长州军一样，萨摩军也装备了从西方进口的新式枪炮。
但是，倒幕派面对的绝不是仅仅装备武士刀的对手，幕府在存亡危机的压力下也进行了军事改革。
1862年12月，德川幕府发布了《兵赋令》。标志着幕府组建新式陆军的开始。《兵赋令》规定，"兵赋"自年龄十七岁到四十五岁、身强体壮的农民中间选拔，按领地的大小，以每五百石(石，米谷的计量单位，也用于衡量领地大小)出一人，每一千石出三人、每三千石出十人的原则征募。幕府新式陆军组建时的步枪主要有盖贝尔式和恩菲尔德式两种，后者正在逐渐取代前者。在大炮方面，老式的前装滑膛炮仍占主流，但已经开始引进新型的线膛炮。1866年末代将军德川庆喜上台以后，聘请了法国的教官开始了法式陆军训练，组建了近万人的新式陆军。值得一提的是，法国教官第一次将欧洲的军事体操引入了日本。当时被称为"练体法"的军事体操的作用在于锻炼士兵们的体魄，使他们的身体状况可以适应训练和作战的需要。但是幕府军的军官始终由世袭的武士担任，使得幕府的军事改革仍未脱出封建制度的窠臼，始终落后于萨、长。
由于优势的幕府海军此时已经控制了日本的海运大动脉--濑户内海的制海权。倒幕派只有力争大胜，夺取大坂这个幕府的陆海军基地，才能保障京都乃至整个关西的安全。如同西方军事家克劳塞维茨在《战争论》中所说:"主力会战，正像我们以后还要详细说明的那样，是最好的手段。谁害怕大的决战而逃避主力会战，通常谁就要自食其果"，双方在京畿的战斗，既是戊辰战争的初战，同时也是决战。
1月2日下午，幕府军进据京都南十二公里左右的淀城(但最高统帅德川庆喜却一直远在后方大坂)。随即分兵两路，主力东出伏见，由陆军奉行竹中重固指挥，率领幕府军及会津等藩兵及"新选组"等，兵力约八千人，当晚驻伏见奉行所。1868年1月3日(庆应3年12月9日)，倒幕派在朝廷发起宣告将政权交归天皇的政变(大政奉还)。在王政复古中，新政府的小御所会议上，决定了要幕府将军德川庆喜向朝廷返还官位和领地(辞官纳地)。此事刺激了拥护幕府的会津藩、桑名藩的藩兵从大坂向京都进军，同以萨摩和长州两藩军队为主力的政府军在京都南郊的鸟羽、伏见发生冲突，即鸟羽伏见之战(日语:鸟羽・伏见の戦い)。
倒幕军在鸟羽布置有一个半月形阵地，从东边的中岛到鸭川西岸的小枝，守军有萨摩兵二千及一部分长州兵。1月3日下午，幕府军要求守军让路并下令强行通过，萨摩守军首先开炮，第一发炮弹就击中幕军纵列顶部的一个炮兵队，随即又是雨点般的枪击，幕府军顿时大乱。后来幕府军好不容易才组织还击，京都的宪兵警察组织"见回组"还进行了白刃冲锋，但这些精于刀剑的武士立即被枪弹击退。入夜，幕府军无法抵御讨幕派的夜袭，遂连夜逃回淀城。
伏见在鸟羽之东，是京都南约六公里的一个小市镇，西滨贺茂川，东靠桃山。奉行所在它的东南角，由土墙和巨屋所圈围，在当时的火力条件下，算得上是一个牢固的堡垒。同鸟羽方面一样，官军也有一个半月形阵地，占据了桃山制高点，从三面包围着伏见奉行所。守军有长州兵一千八百人、萨摩兵一部和土佐藩的三百人。幕府军多次冲击倒幕派的阵地，曾一度占领桃山，后都被打退。入夜，倒幕派照样进行夜袭，到4日黎明，幕军被迫退回淀城。这样，幕军在鸟羽、伏见两个战场都遭受惨败。
战端一启，1月3日中午，朝廷便宣布德川幕府为"朝敌"决定讨伐。4日朝廷以仁和寺宫为征讨大将军，下令征讨幕府军。午后二时左右，仁和寺宫嘉璋亲王捧天皇御赐锦旗和节刀到达东寺的官军大营，倒幕军士气为之大振，乘胜展开追击。倒幕官军的实际最高指挥西乡隆盛欣喜地写道:"3日到6日，没有后退一步，没有一点失败，如此彻底大胜的军队实在未曾有过"。幕府军连战连败被迫退往大坂。
鸟羽、伏见战役惨败后，原先效忠幕府的各藩纷纷倒戈。幕府军败退后曾欲固守淀城，淀城藩是德川幕府的"谱代大名"(指德川家康奠定霸业前即臣服的诸侯，相当其嫡系)，就在三天前还是幕府军的前线指挥部，但此时却断然拒绝幕府军入城，并开城欢迎倒幕官军。甚至"御三家"(和将军家有血缘关系，有权使用德川姓氏并在将军无嗣的情况下继承幕府)之一的纪州藩也借"勤王"之名保持中立。真可谓大树将倾，众叛亲离!
大坂久有"金城汤池"之称，又有"大坂富庶，雄于天下"之说。然而此时在大坂的幕府军最高统帅将军德川庆喜，却已经丧失了战斗意志，于元月7日早晨抛下尚在战斗的军队，与幕府重要官员松平容保(会津藩藩主)、松平定敬(桑名藩藩主)、老中(直属将军统辖政务的最高官职)板仓胜静等乘旗舰"开阳"号逃回江户。大坂城中的幕府军闻讯后尽皆惊愕，遂作鸟兽散。海军副总裁榎本武扬只得将城中藏金十八万两搬上军舰，并接载部分伤兵驰向江户。8日，长州藩部队进入大坂，宣告幕府军在京畿决战中的彻底失败。
幕府军在京畿战场上的失败，首要原因固然是政治上的倒行逆施不得人心，京都一带的市民、商人和农民给了官军极大的支持。西乡记录道:幕府在"京摄之间，人心丧尽，……伏见一带，虽有兵火烧过，但每有萨(摩)长(州)兵队经过，"男女老少则出于路旁，合手礼拜，连声道谢。战场上也有送粮食，烧开水，酌酒犒劳战兵者。比本藩人民还要好些。"但幕府军在军事战略上的失误无疑也是重要原因，幕府军本可以直属部队为主力，沿淀川北上，直叩京都南门，另由称为"佐幕双璧"的悍勇的会津、桑名藩兵取道连接江户和京都的干线道路"中山道"，从关原(琵琶湖东北、1600年德川家康曾在此地获胜从而奠定德川幕府的霸业)和铃鹿峠，径向京都东边门户大津，两边夹击，逼倒幕派官军向西退却。但幕府军却以臃肿的队形，集全部人马出于淀川一路，态势凝重呆板。果然，战事失利后这种一窝蜂的进军便化作一窝蜂的溃退。
京畿战场胜利后，天皇于元月7日下达了"征讨庆喜令"，16日撤掉德川庆喜前内大臣职务，剥夺会津、桑名等顽固佐幕派的领地和官职，宣布将旧幕府领地列为朝廷领地。新政府为争取反幕势力，1月12日下令"幕府领地今年租税减半"，此举为新政府赢得了民众更多的支持。新政府为使天皇政权获得欧美各国的承认，1月15日派使者去神户，向各国公使面交国书。其内容:天皇亲裁内外政事;过去条约称大君，今后改称天皇;承认旧幕府和外国所订条约;对内批判幕府的过错，对外采取开国友好方针。各国承认新政府和旧幕府为对等的交战团体，宣告战争中局外中立。但法国暗中支持幕府，英国商人则把大批武器卖给倒幕派。2月6日改东海、东山、北陆三道镇抚总督为先锋总督兼镇抚使，9日任命政府总裁有栖川宫炽仁亲王为东征大总督，西乡隆盛等人为参谋。倒幕派官军由西乡隆盛等指挥，在"万民欢呼之中"，从战略防御转入战略反攻。东征军以萨长兵为主力，号称5万军马，2月11日开始依次出发，15日炽仁亲王被天皇亲自授予锦旗、节刀踏上了征途。长州藩士品川弥二郎见其军威作俚谣广为流传。歌词曰:"亲王亲王御马前，随风飘扬的是何物?咚咚咚呀咧咚，君不知那是征伐朝敌的御锦旗?" 东征的官军进展神速，2月，"佐幕双璧"之一的桑名藩不战而降。3月，德川氏发祥地三河亦落入官军之手。
德川庆喜逃回江户后，幕府内分裂成"恭顺派"和"主战派"。德川庆喜最后接受了恭顺派的主张，解雇了支持"主战派"争取法国援助进行决战主张的法国军事教官歇多万。任命日本近代海军的创始人，主张"绝对恭顺"的胜海舟为陆军总裁，主持幕府事务。
但"恭顺派"并不是准备无条件投降。他们不过是要以温和的手段来最大限度地保住幕府的利益。尽管幕府陆军的主力已经在鸟羽、伏见战役中被消灭，但胜海舟执政后即派出"甲州镇抚队"和"信州镇抚队"前往阻止官军东进。2月23日他将"甲州镇抚"的任务交给了曾在京都血腥镇压维新志士，和倒幕派誓不两立的"新选组"，提升"新族音协站现策选组"局长近藤勇为若年已目寄(官名)、副局长土方岁三为若合席(官名章维)，拨给金五千两、大炮二门、枪五百支及其他军用物资;甲州即甲府，在今甲斐城，地势险要，坂垣退助评论道:"中宽四塞，山河险峻，天下罕见其匹。"又任命古屋佐久卫门担任步兵头(官名)，率第六联队，携炮四门及其他物资，出抚信州(信浓)。胜海舟还准备在和新政府的谈判失败后，就疏散江户市民，火烧八百街，绝不交来自出完整的江户城。
3月1日，幕府的"甲州镇抚队"和官军的甲州支队同日向鲜太田补婷甲府进发，但官军抢先一天进入甲府。3月6日，官军兵分三路击溃了幕府军，控制了甲州。同时，官军的东进部队在豪商相乐总三组织的民间武装"赤报队"的帮助往高职然五仍员纪群下于3月6日越过天360百科险锥冰峠，3月10日黎明突袭幕府的信州镇抚队，1800人的幕府军逃往东北方的会津藩，官军占领北部关东平原，与南边的甲州支队相呼应，形成了对江户的钳形攻势，幕府军的防线被彻底击垮，官军预定3月15号总攻江户。
甲州、信州镇抚的失败，彻底打破了幕府主战派的一切幻想。3月14日，幕府的恭顺派终于和官军达成江户"无血开城"的协议，规定幕府交出军舰和一切武器，德川庆喜去水户"谨慎"(实为幽禁)，让田安龟之助(后改名为德川家达)继承德川家，仍给静冈土地70万石。至此，统治日本260多年的德川幕府名实俱亡。4月21日，东征大总督炽仁亲王进入江户，把旧将军府改为大总督府。不久，这座将军的居城，将成为日本的新首都。不甘心失败的反动武士组织了一支拥有两千人的名为"彰义队"的反新政府武装，拥立轮王寺宫(皇族主持)以上野宽永寺为据点，串通德川幕府残余势力继续同明治政府为敌。5月15日，在上野之战中，彰义队被大村益次郎指挥的官军包围击溃。倒幕派的反攻取得了完全胜利。
值得一提的是列曲目投笔千船，倒幕派官军在东征时得到了各地人民的大力支持。特别是相乐总三组织的"赤报队"，进入关东为新政府军开辟道路，向农民宣传年贡减半的政策，在战争中为官军做出了极大贡献。
德川幕府虽亡，但内战还没有结束。被列为"朝敌"的会津藩主松平容保自回会津以后，整备军火，改革兵制，准备和新政府军决一死战，会津一时成为反新政府势力的本千病州至历中心。江户开城以后，原幕府步兵奉行大鸟圭介就带领精兵2000从江户逃往会津藩。同时，东北(陆奥，出羽、越后)地方诸藩并不希望把奥羽地方卷入战火中。4月11日，仙台藩主伊达庆邦，米泽藩主上杉齐宪向奥羽镇抚总督九条道孝提出对会津宽大处理的请求，但是遭到了拒绝。于是5月6日，以会津、庄内两藩为中心的东北各藩成立了"奥羽越列藩同盟"，发出"讨萨檄文"，扬言要清君侧和扫除"伪官军"。战火终于燃遍了整个东北地区。
大村益次郎在上野之战后，取代西乡隆盛担成了官军的最高指挥。宗控便矿格官型培模他对付奥羽越同盟的战略思宗武治唱你想是:"首先除去枝叶(指各担括去酸台天千除体配弦藩)，茎干(指会津)自然干枯。"到6月，官军兵分三路进行讨伐。后来西乡隆盛担任了越后方面的海军总督。
白河位于古奥羽街道的北线起点，是通往奥羽，各还搞杨载影跑济蒸过图客地的重要关门。奥羽越同盟建立后，于5月26日对官军占并孙领的白河进行了第一次大规模攻击。以后一直到7月15日，奥羽越同盟军共组织了七次进攻，即所谓白河七战，结果全部失败。官军始终控制着白河，从正面威胁着同盟，吸引并消耗了它的大量兵力。套用身升云家一周领皮抗白河攻防战在奥羽越战争中具有重要意义。
长冈是越后北部强藩，民风质朴强悍。藩主牧野忠须的讲接黄距目风功信，为德川家康十七将之一的牧野康成之后。他曾在藩内改革兵制，设置蛋儿却木识延延送脱频静军校，装备洋枪洋减出天宪林全炮。长冈藩军事总督河井继之助早在归藩前就把江户藩邸内护念植相养看卫直离的古董和什器全部变卖，以所得款项从外国商人处重金购入了两门最新式的"加特林"自动速射铳炮(1862年由山沿并卫比美国人加特林发明，南北战争期间曾使用过，在清朝被称为快炮又名十门连珠炮)，这种威力强劲的武器当时在日本总共只有三门。
5月初长冈曾与官军谈判要求武装中立被拒绝，遂加入奥羽越同盟和官军作战。5月19日，官军攻克长冈。长冈城下町屋舍被焚毁达二千五百余间，兵学所、藩校崇德馆、社寺等重要设施也荡然无存。"数十年来所积之军用金二十万两，大炮四十门，武器弹药无算，尽被'贼军'(指官军)掠走"。以后双方在长冈附近反复格斗，难解难分。7月初官军增兵达四万三千人，这里是整个奥羽越战争中投入兵力最多的一个地区。由于官军握有制海权，柏崎、新澙等港口很快被官军所控制。河井继之助为了避免长期消耗而寻求决战。7月24日，在米泽等藩兵的配合下，终于击败官军夺回长冈。随后，会津、仙台等盟军先后开到，但河井身负重伤，盟军失去指挥，未能组织追击。官军于7月29日反攻夺回长冈，同盟军在越后北部彻底败北。长冈争夺战是奥羽越战争中最激烈的一个战役。长冈的二次失守，吹响了"奥羽越列藩同盟"灭亡的号角。属于列藩同盟的越后诸藩相继向新政府投降。
8月23日，坂垣退助的中路军抵达会津若松城下，官军开始酝酿会津攻坚战。当时军中有两种战略，一是继
续沿用"除支弱干"的办法，先征服米泽，仙台;一是先攻会津，理由是如果米泽仙台久攻不下则战事势必拖延到冬季，这对以萨摩、长州等南方兵为主的官军很不利。于是官军决定采用"会津攻城，仙米攻心"的战略。
9月初，包围会津若松城的官军达到3万人。从9月14日开始，官军发动总攻击。22日，最顽固的封建领主松平容保不得不开城投降。反政府势力的最强悍的一个据点被拔掉，在此前米泽藩和东北第一大藩仙台藩已经相继投降。官军在本州岛上确立了完全的统治。8月的奥州会津战争是戊辰战争中最关键的一场战役。政府军3000人迂回突袭会津藩的若松城。战斗历经1个多月，9月22日会津藩开城投降。
在东北战争激烈进行的时候，旧幕府海军总裁榎本武扬，于江户率领"开阳"等八艘幕府残余军舰及仙台藩兵，与幕府老中板仓胜静等幕府遗臣，带领4000余人从品川湾逃脱，驶向虾夷(北海道)。10月12日强顶暴风雪登陆虾夷鹫木，随即南下箱馆，击退官军箱馆知事清水谷公孝，11月攻陷松前福山城，和平接收五棱郭(坚固的西方式要塞，克服了旧式日本城池存在射击死角的缺陷)，平定了虾夷南部。榎本武扬等人占领虾夷之后玩弄两面手法。一方面表示承认明治政府为日本正统政府，请求把虾夷地作为德川家的静冈藩飞地，通过山野开拓使"信守忠臣不仕二主之义"的旧幕臣有安身立命之地;另一方面，12月15日，榎本武扬宣布成立"虾夷共和国"，大宴各国领事，从各国领事手里接过各国领事承认箱馆政权为事实上的政权的备忘录。并且在五棱郭布置大本营，以陆海军士官以上投票
，选出榎本武扬为"虾夷共和国"总裁，大鸟圭介和土方岁三为陆军奉行、军事指导。以榎本武扬为首的首脑，主张征收比较高额的赋税，以集结军费整备军力与明治政府对抗并决一死战。
"宜将剩勇追穷寇，不可沽名学霸王"，明治政府绝不容忍旧幕府势力继续存在下去。
新政府在加紧改革的同时，致力于全日本的统一，于翌年春暖，组织了黑田清隆率领的征讨军北伐虾夷。北海道与本州隔海相望，海军力量对双方都有重要意义。官军方面的主力战舰是刚刚获得的"甲铁"舰，该舰是一艘法国造铁甲舰，为木制船体外部覆盖厚度4.5英寸的铁制装甲，排水量1358吨、蒸汽/风帆混和动力、最高速度6~8节。船艏炮廓安装1门阿姆斯特朗300磅炮，另有2门阿姆斯特朗70磅炮、2门6磅炮和2门4磅山炮，此外舰艏还装有3.5米长度的冲角，而榎本海军和政府军的其他战舰都是木质军舰。榎\\本海军自从最强大的"开阳"号意外触礁沉没后，只剩"回天"、"蟠龙"、"千代田"三舰。但其中法国造"回天"舰吨位1678吨，炮13门，是双方参战军舰中最大、性能亦较优的舰只。
明治二年(1869)春，日本政府军在青森集结准备越过津轻海峡登陆虾夷。3月9日，日本舰队自品川海峡一路北上，进入了陆中的宫古湾。尽管实力弱小，但榎本海军还是组织了一次奇袭。这当然是正确的，如同西方军事家马汉在《海权论》所认为的一样，海军的存在是为了进攻，防御只是进攻的准备，即使全局处于防御态势，海军舰队也必须积极出击，通过海上交战达到一定的结局。如果榎\\本海军组织得当，未必没有获胜的机会。但榎本的目标是夺取"甲铁"舰，而不是消灭政府海军主力而夺取制海权。3月25日，由于天气原因，到达宫古湾的只有"回天"一舰，悬挂着美国国旗的"回天"成功地潜入宫古湾，它立即降下美国旗、扬起太阳旗，使用56磅火炮对"甲铁"实施压制轰击，同时以舰艏抵上"甲铁"右舷。但是跳舷夺船的"新选组"突击队被甲铁舰上的官兵用密集火力击退，"回天"舰被迫败走。"回天"舰无力回天，制海权就此被政府海军牢固控制。
4月4日，8000政府军开始在渡岛半岛西北的乙部登陆。4月17日夺取半岛西南端要地松前，22日占领西北要地木古内。
双方的舰只亦在海上反复交锋，5月初，"回天"号和"蟠龙"号被官军优势舰队打得搁浅。11日官军攻下箱馆，随又包围榎本政权心脏之地五棱郭，"甲铁"号开始对五棱郭的要塞进行炮击。穷途末路的榎本武扬见大势已去，准备自尽，为部下劝阻，于5月18日献城投降，短暂存在的"虾夷共和国"宣告灭亡。这是戊辰战争中官军追击东北残敌，夺取和巩固在全日本的胜利的最后一个战役。至此，历时一年半的内战，以德川幕府及其残余势力的彻底失败、新政府的胜利而告终。
这场内战把日本从腐朽落后的幕府封建统治下解放出来，为日本建立统一的近代国家奠定基础。就此，一个新生的日本帝国，开始出现在亚洲的东部。然而，依靠枪炮建立的明治政权不久就准备依靠枪炮，去实现"开拓万里波涛，布国威于四方"的野心了。
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