《黄帝内经》是中医学理论体系的渊薮，是一部综合论述中医理论的经典著作。它的集结成书是以古代的解剖知识为基础，古代的哲学思想为指导，通过对生命现象的长期观察，以及医疗实践的反复验证，由感性到理性，由片断到综合，逐渐发展而成，提出了许多重要的理论原则和学术观点。不仅奠定了中医学理论体系的基本框架，同时，也为后世中医学的不断完善与向前发展提供了可能。《内经》一书不仅是当时医学发展水平的最佳见证，同时，也是现代中医学研究发展的可靠基石。其主要学术思想有以下三个方面：
古代阴阳五行学说，曾经应用于各个方面，《内经》作者成功地把阴阳、五行等哲学范畴应用到医学里面来，把哲学和医学密切交融在一起。首先它认为人类生命变化是按照阴阳对立原则进行的。正如《灵枢·本神篇》云：“天之在我者德也，地之在我者气也，德流气薄而生者也。”因而人体生理现象都反映了阴阳对立统一体，《素问·阴阳应象大论》说：“清阳出上窍，浊阴出下窍；清阳发腠理，浊阴走五藏；清阳实四肢，浊阴归六府。”故对立统一的协调，就能维持人体生命健康。假如对立统一遭到破坏，人体就出现病理状态，如阴盛则阳衰，阳盛则阴衰。最后亦会导致“阴阳离决，精气乃绝”的情况。
其次，它还指出，阴和阳的对立是相对的，而不是绝对的，两者之间是相互为用，互为其根。如《素问·阴阳离合论》云：“天复地载，万物方生未出地者，命曰阴处，名曰阴中之阴；则出地者，命曰阴中之阳。”《素问·阴阳应象大论》又云：“阴在内阳之守也，阳在外阴之使也。”都指出阴阳两方面，必须保持阴阳对立统一协调关系，人体才有正常活动。
至于五行学说，《内经》主要从其“相生”与“相克”和“生克制化”等方面，来说明许多事物都是相互联系，并且是维系事物正常发展不可分割的根据，正如《素问·宝命全形篇》所说：“木得金而伐，火得水而灭，土得木而达，金得火而缺，水得土而绝。万物尽然，不可胜竭。”
它首先认为人体内部是个统一的整体，体内各个部分都是相互联系的。这种相互联系，不可分割的关系，表现在生理、病理、脏腑和经络各个方面。如《素问·痿论》云：“肺主身之皮毛，心主身之血脉，肝主身之筋膜，脾主身之骨髓。”说明五脏与形体方面的功能联系。
同时，人这个整体与外在环境又有密切的关系，《素问·宝命全形论》说：“人以天地之气生，四时之法成。”然而，自然界的变化与人体生理密切关系，不完全是和自然变化之适合，主要是人体的机能善于适应它。《素问·生气通天论》曾指出：“平旦人气生，日中而阳气隆，日西而阳气已虚，气门乃闭。”说明人体生理机能无时无刻不是在与之做出相应的变化。
《内经》认为物质是在相互联系和制约之中不断运动的变化。《素问·六微旨大论》说“成败倚伏生乎动，动而不已则变作矣。”又云“夫物之生从于化，物之极由乎变，变化之相薄，成败之所由也。”指出了动与静的辩证关系，并反映了事物由新生，发展，到灭亡的变化过程。“故高下相召，升降相因，而变作臭。”《素问·脉要精微论》进一步说：“四变之动，脉与之上下，以春应中规，夏应中矩，秋应中衡，冬应中权。”一年四季的阴阳运动，影响到人体，血脉亦随之而上下运动，其脉在外形象为规、矩、衡、权的不同。因此动为生命的源泉，唯有不息的运动，才能变化无已。
以上阴阳五行学说、统一整体观、运动观贯穿在整个《内经》的各个部分。所以无论在脏象、病机、诊法、治则等理论中，却都突出地反映出来。而几千年来一直被历代医家奉为圭臬，有效地指导临床实验并为实践所验证。
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