1、防止骨疏松：纳豆辅助补钙的机理是：骨质是由维生素K2和优质蛋白质先形成骨元蛋白，再与钙生成骨质，蓄积骨中，增加骨密度这三大要素缺一不可。纳豆中包含大豆异黄酮和维生素K2。大豆异黄酮能防止骨中钙的溶解，而维生素K2则能够将钙固定于骨中。也就是说，大豆异黄酮和维生素K2的组合能相互协力，起到强骨的作用。
2、抗菌作用：长野县卫生公害研究所进行的实验表明，纳豆的提取液可将3万各0-157致病性大肠杆菌减少到40个以下。最近的科学实验也已确认，纳豆菌对抑制0-157同类的0-111、0-144病原性大肠杆菌以及其它病原菌诸如，金黄色葡萄球菌、沙门氏杆菌、李斯特菌等同样有抑制作用。抗菌机理在于纳豆菌能够产生杀菌物质吡啶二羧酸。
3、调节肠胃润肠通便排毒养颜：纳豆菌不受胃液的强酸影响，并很快在肠道内定植。纳豆菌所产生的吡啶二羧酸，有效杀灭、抑制肠道内的有害菌和病毒。使肠内菌群达到一个有利健康的动态平衡，迅速解决便秘、肠炎、腹泻问题，还你一个健康的肠道。为此，纳豆菌的润肠通便效果是立竿见影的。我们都知道大便中有50%到80%是肠内细菌及其尸体。肠内细菌活跃，大便就能顺畅。这就是润肠通便的理由。一天一次大便,可以清除宿便排除毒素。再加上纳豆激酶可以溶解毛细血管里的血栓、脂肪等，因而可以保证面色光泽红润。
4、解酒、保护肝脏：纳豆酶进入人体后，通过三重渠道构建酒精防护屏障：进入人体肝脏系统，分解肝脏解酒压力，协助解酒；进入人体血管系统，在脑血管区域形成重点防护屏障，抵制酒精对大脑的抑制效应；进入人体消化道系统，迅速形成保护屏障，加速消化道酸性分泌，促进解酒。服用纳豆能迅速解决酒后不良反应，并能预防隔日醉。此外，纳豆中的多种活性物质活化肝细胞，促进肝细胞再生，提高肝功能，保护肝脏，有效预防改善脂肪肝。所以在日本广为流行一个谚语：“喝酒时多吃纳豆防二日醉酒”。
5、抗氧化作用：众所皆知，异黄酮是一种防止细胞氧化的抗氧化物质，进一步有预防癌症的效果。吃一包纳豆可摄取50毫克的异黄酮，相当于美国推荐预防癌症的每日摄取量。
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