1、喷砂加工:当木化玉拿去打磨抛光时,由于加工工具的局限性,会完全改变了这个木化石的自然形状,近几年来,人们想出了用金刚砂高气压喷射到树化玉表面,把表面的树皮、杂质喷掉,留下其中的玉化层。这样就使木化石保持原始的自然形状,又能表露出木化石内部玉化的精美。不过,由于现有喷砂工艺的限制,这种方法加工出来的木化石要喷上水或蜡水,才能达到打磨抛光料的光洁度。
2、品种不同加工的方法也不同,根据SiO2的结晶情况和程度,硅化木通常可分为三个品种。若木质被交代成胶质SiO2即蛋白石,则称蛋白石硅化木;若被交代成隐晶质石英(即玉髓或玛瑙),则称为玉髓或玛瑙硅化木;若被交代成微粒的石英,则称为普通硅化木。